La primera noticia de esta ermita, ubicada en el barrio de Santxolopetegi, data, según Zumalde, de 1442. Se conserva como posible testimonio de esta época lejana una talla gótica de la Magdalena, expuesta hoy en la hornacina habilitada en uno de los brazos del crucero.
Sin embargo, su momento de esplendor aparece ligado a la estancia en Oñati de San Francisco de Borja, que al utilizar esta ermita como lugar de residencia entre los años 1551 y 1553, la convierte en centro espiritual de la comarca.
En 1740, amenazaba ruina, por lo que debieron realizarse importantes obras de reconstrucción, que le conferirían su configuración actual, típicamente barroca.
En 1759, Juan de Olalde efectuó una donación para la construcción de un nuevo retablo, que realizado por Juan Bautista de Jauregui, quedó terminado al Plan siguiente.
Se efectuaron reparaciones en la ermita en el año 1843.
Finalmente, en 1951, con la intervención de los vecinos del barrio, se introdujeron diversas mejoras.
