Santxolopetegi auzoko ermita honen lehenengo berria, Zumaldek dionez, 1442koa da. Aintzinako garai haren aztarna gisa edo, Magdalenaren taila gotiko bat iritsi zaigu, gaur regun gurutzaduraren besoetako batean erakusgai dagoena.
Nolanahi ere, bere ospea San Francisco de Borja Oñatin egon zenekoa datorkio batipat. Izan ere, 1551etatik 1553ra bitartean bizilekutzat hartu zuenean eskualdeko bilgune izpirituala bihurtu bait zuen.
1740ean, erortzear zegoenez, birreraiketa obra handiak egin behar izan ziren betan, eta orduan eman zitzaion gaur regun duen itxura barrokoa.
1759an Juan Olaldek dohaintza bat eman zuen bertarako erretaula berria egin zedin. Hala, Juan Bautista Jauregik hasi zuen lana, hurrengo urtean amaitu zuelarik.
1843an ere konponketa-lanak egin ziren.
Azkenik, 1951ean, auzotarren eraginez, ermitaren egoera hobetzeko lanak egin ziren.
