Las bóvedas se alzan sobre postes en rollo, a modo de columnas con basas cúbicas decoradas con dientes de lobo, y son de terceletes con ligaduras en los tres tramos de la nave mayor y de crucería octopartita en las naves laterales. Es posible que tuviese un coro similar al de La Antigua de Zumarraga, porque algunos de los postes tienen cajas dispuestas para poder soportarlo, sin embargo debió de desarmarse muy pronto, porque en 1627 Francisco de Aguirre construyó la tribuna clasicista con barrotes torneados que hoy ocupa la zona trasera de la nave.
En principio el edificio debió de ser de planta rectangular, pero en 1635 el maestro Martín de Balanzategui y el cantero Martín de Leybar recibieron el encargo de ampliar la iglesia añadiendo un ábside cuadrangular en el que debía de emplazarse una dependencia para sacristía semienterrada bajo el altar (1). Actuando con una clara intención de mimetismo, Balanzategui cubrió este espacio con una bóveda de madera de terceletes, aunque olvidó disponer las ligaduras longitudinales.
Desde el interior del templo el anexo parece bien integrado, pero en el trasdós se aprecian algunas diferencias de ejecución que señalan la evolución de las técnicas de carpintería locales. La tablazón, por ejemplo, aparece laboriosamente machihembrada en las bóvedas viejas y simplemenmte a tope en la nueva.
Sobre las columnas montan los postes que soportan las correas de la cubierta y también las vigas carreras transversales quie sostienen los pequeños mozos sobre los que se alza la cumbrera del tejado.
