El altar central está dedicado a San Cristobal y los laterales a la Anunciación y a la visita de la Virgen a Santa Isabel. Destacan unas columnas con capitel de estilo corintio y detalles propios del jónico. Estos altares se ejecutaron en 1777, siendo cura José Joaquín de Antepara y el autor fue el bergarés Miguel Antonio de Jauregi, quien trabajando durante año y medio y cobró 12.000 reales de vellón.
Artísticamente destacan la imagen de la Virgen que se guarda en la sacristía, tallada de torso entero, el aguamanil de cerámica de Talavera adosado a la pared de la sacristía y la pila bautismal situada en la parte derecha de la entrada.
Los primeros documentos existentes sobre esta iglesia datan del año 1438, cuando los representantes del cabildo de Mondragón solicitan al Obispo de Calahorra que le sean anexionadas algunas iglesias del Valle de Léniz para poder cobrar las rentas de las mismas y entre ellas se cita la Iglesia de San Esteban de Larrino. No se sabe cuándo se cambia la advocación de la iglesia, pero en 1556 Martín Gil, Visitador Apostólico del Obispado de Calahorra y La Calzada, pasó por Larrino y escribió lo siguiente: "El dicho lugar es de trece vecinos. La Yglesia es del dicho Conde (de Oñati). la Yglesia se llama San Cristobal. Es bendecida. Tiene de fábrica de la primicia tres mil maravedíes. Hay dos beneficiados".
