Erigida en un solar de pronunciadísima pendiente y en condiciones de mantenimiento muy precarias, conoció un rápidro proceso de deterioro y estuvo a punto de derrumbarse en varias ocasiones, sobre todo hacia 1589, año en que se describe la iglesia como "toda abierta" y con rajas en los muros.
En 1627 se decidió consolidar definitivamente el edificio y dotarle de una cubierta digna, pero cuando se consultó el problema con el maestro tracista Martin de Balanzategui este dictaminó que los cimientos no eran suficientemente sólidos para asentar los arcos y capillas de una bóveda de piedra. Así debió de ser como se decidió armar una techumbre de madera, aunque estribándola como si fuese de cantería. Esta estructura de carpintería adoptó la fórmula clásica de combinar dos tramos de terceletes con ligaduras, que cubren parcialmente la nave, y una bóveda ochavada para techar el ábside. El tramo de los pies, sobre el coro, se cubre a cielo raso.
La ejecución de los trabajos se contrató a Francisco de Iturrino, aunque cabe la posibilidad de que tan solo se ocupase de la obra de cantería. Lo que sí está probado es que Martin de Balanzategui terminaría por convertirse en un auténtico especialista en este tipo de armaduras aparentes, ya que pocos años más tarde realizó también la bóveda del ábside de Araotz (1635).
