Es de planta rectangular, con un cuerpo adosado en el lateral Suroeste, cubierto con un pequeño faldón de teja. Además del volumen adosado, el caserío presenta sobre su terreno circundante delantero unos muretes de fábrica de mampostería seca que delimitan el espacio de una era circular y de la huerta. Todos los muros de cerramiento están construidos con mampostería de piedra con inclusión de cadenas de sillares de piedra arenisca en los esquinales. A partir de la altura del forjado de planta los muros están raseados y pintados de blanco.
La fachada noroeste presenta, a la altura de planta baja dos saeteras de aireación y, a la altura de planta primera dos vanos de ventana con cerco de sillar de piedra.
La fachada de orientación suroeste presenta, en planta baja dos saeteras de ventilación y, en planta primera dos ventanas recercadas con sillar de piedra y un hueco rectangular central adintelado, emplazado a cota del forjado vinculado al uso de carga y descarga del pajar. La fachada sureste es la principal del caserío. En planta baja aloja un arco carpanel ligeramente descentrado hacia la izquierda de la vertical de la cumbrera. Esta construido con gruesas dovelas de piedra arenisca y presenta arranque sobre sendas impostas laterales. A cada lado del arco hay dos ventanas construidas con sillares de piedra.
En planta primera, la fachada presenta tres ventanas recercadas con sillares de piedra, regularmente espaciadas sobre la misma y que mantienen los ejes de traza definidos por las ventanas de planta baja. A la altura de la planta bajo-cubierta, la fachada presenta dos pequeños huecos simétricamente espaciados y también recercados con sillares de piedra.
En la fachada de orientación noreste, lateral del edificio, a la altura de la planta baja presenta una puerta de acceso realizada en el emplazamiento de lo que fue una ventana, aunque con algo más de anchura. Está recercada con sillares de piedra de nueva ejecución. Además de ese, la fachada presenta otro tres huecos de ventana, dos de ellos de nueva factura y adintelados y, el tercero, original y algo más pequeño recercado con sillares de piedra.
A la altura de planta primera, esa fachada únicamente presenta dos huecos de ventana, ambos recercados con sillares de piedra, emplazados sobre los ejes de traza de los dos huecos originales de la planta baja.
La estructura interior del edificio consta de tres crujías transversales y otras tres longitudinales. Los apoyos se resuelven sobre el grueso muro perimetral de carga, al que se añade otro transversal con grueso en planta baja de un metro y que separa la crujía del soportal del resto, y otro muro de carga longitudinal, que separa la crujía del zaguán lateral Noreste de acceso a la cocina. Ambos muros llegan hasta la cubierta. El resto de la estructura descansa sobre un grueso pilar apoyado sobre plinto de piedra y ubicado en el establo. El poste se une con gruesas vigas que, a su vez, soportan solivos de gran sección. La armadura de la cubierta está conformada a tres aguas y resuelta con correas, limas, tirantes, cabrios y entablado que sirven de apoyo a la teja árabe de la cubierta.
La ordenación funcional de la planta se resuelve desde el espacio del soportal mediante dos puertas: la de la izquierda que sirve de acceso a la cuadra, está recercada con sillares de piedra sobre un muro de un metro de grueso y presenta un portón de amplia hoja con herrajes; y la de la derecha también recercada con sillares de piedra y con una recia puerta de madera con cuarterones y herrajes da acceso al zaguán enlosado de la vivienda.
En la vivienda, el zaguán enlosado da, a su vez paso, a través de una puerta recercada con sillares de piedra, a una cocina también enlosada y que está emplazada en el ángulo Sureste del edificio. Desde el zaguán una escalera de dos tramos, con el primero de tres peldaños de piedra y el segundo con peldaños de madera se sección triangular maciza sobre zancas de madera, permite el acceso a planta primera. Desde la planta primera un tramo de escalera más permite el acceso a una entreplanta bajo-cubierta. Además de las anteriores, existió otra escalera de acceso directo desde la planta de la cuadra hasta las habitaciones del ala Noreste de la planta primera.
Sanjuanzar es un genuino caserío originario del siglo XVIII, construido como casa de posada en el camino hacia Álava que conserva gran parte de su estado original.
