La Diputación la gobiernan las Juntas Generales. Situandose frente a la Diputación Foral el Diputado General, elegido por los demás diputados. Las Juntas Generales son el Parlamento de Gipuzkoa, el Órgano máximo de representación y participación popular del Territorio Histórico Gipuzkoa. Al ser el Parlamento de Gipuzkoa, esto es lo que hacen:
- Ejercen la potestad normativa.
- Eligen al Diputado o Diputada General.
- Aprueban sus Presupuestos y los del Territorio Histórico.
- Controlan e impulsan la actividad de la Diputación Foral.
Para el cumplimiento de sus funciones, las Juntas Generales gozan de autonomía financiera, aprobando su propio presupuesto, y de autonomía organizativa, mediante la aprobación de su reglamento, por el que se regulan sus órganos y funciones, y los procedimientos para la tramitación de las iniciativas que se presentan ante las mismas. Es difícil decir cuando surgió la Diputación. Cabe rastrear sus primeros pasos hacia mediados del siglo XV. Con todo, esta institución no empezará a adquirir una personalidad más estable y definida hasta las Juntas Generales de abril de 1550 congregadas en Tolosa, fecha en la que empezó a nombrarse estos cargos de modo más regular.
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